《復旦學報（社會科學版）》是復旦大學主辦的綜合性學術理論刊物，主要刊載文、史、哲、經、法等學科論文。創刊于1935年6月，是我國最早的大學學報之一。1978年復刊，并為此組成了直接由校黨委領導的文科學報編輯部。

《復旦學報》（自然科學版）（中、英文混版）是復旦大學主辦的自然科學綜合性學術刊物（雙月刊，國內外發行）。創刊于1935年6月30日，是我國最早的大學學報之一。主要刊登數學、化學、生命科學、技術科學、信息科學、管理科學、醫學科學等基礎研究和應用研究方面的學術論文、研究快報、研究簡報等。

《復旦學報（醫學版）》是由教育部主管、復旦大學主辦的向國內外公開發行的綜合性醫藥衛生類學術性核心期刊。其前身是《上海醫科大學學報》，創刊于1956年6月。主要刊登基礎醫學、臨床醫學、藥學、預防醫學等領域的以原創性研究為主的論文。

《數學年刊》主編李大潛，編委會由32位國內外著名數學家組成。2008年，該刊出版《數學年刊A輯》（中文版）6期，《數學年刊B輯》（英文版）6期，以及A輯中譯英版C輯（英文版）4期（Chinese Journal of Contemporary Mathematics 《中國當代數學》，由美國阿倫頓出版公司在美國出版發行）。

《復旦教育論壇》是經新聞出版總署批準，由教育部主管、復旦大學主辦的高等教育學術期刊，國內外公開發行。本刊已入選中文社會科學引文索引（CSSCI）來源期刊，并且入編《中文核心期刊要目總覽》之教育類的核心期刊，《中國學術期刊評價研究報告:RCCSE權威、核心期刊排行榜與指南》核心期刊。本刊秉持“探索和研究高等教育...

《新聞大學》是復旦大學主辦的新聞學術刊物，主編張濤甫。該刊物為全國新聞核心期刊，中國社科期刊學術論文統計數據庫核心期刊，中國人文社會科學論文與引文數據庫首批來源期刊，并被許多名牌大學在學術評審時內定為權威刊物。2008年，雜志再次擴版，為16開本156頁，月刊。繼續對錄用稿件實行專家匿名評審制度。

《當代修辭學》是教育部主管、復旦大學主辦的目前中國唯一的修辭學專業性期刊，刊號CN31－2043/H，雙月刊，語言學中文核心期刊、CSSCI來源期刊，“中國人文社會科學綜合評價AMI”核心期刊?，F任主編?？塑??！懂敶揶o學》原名《修辭學習》，1982年創刊。2009年經教育部、新聞出版總署批準正式更名，2010年成功實現改刊并啟...

《世界經濟文匯》是由復旦大學經濟學院主辦的一本經濟學學術雜志，屬于CSSCI來源期刊，主編張軍。經CSSCI社會科學評價中心2008年的評審，雜志的綜合學術影響力在CSSCI來源期刊（2008-2009）72種經濟學刊物中名列第十，是排名前十的雜志中唯一一份來自北京之外的經濟學學術雜志。

《研究與發展管理》是由復旦大學管理學院和中國高教學會科技管理研究分會主辦的綜合性科技管理學術刊物。社長陸雄文。本刊于1989年6月創刊，1992年正式對外發行。是國家自然科學基金委員會管理科學部認定的中國管理科學類重要期刊之一。

《中國感染與化療雜志》主編汪復。2008年，完成全年6期的編輯出版工作，每期印數11 000冊，全年總發行量為66 000冊。本刊獲得2007年度“中國百種杰出學術期刊”稱號。經過中國精品科技期刊遴選指標體系綜合評價，本刊被評選為2008年度中國精品科技期刊。

《中國眼耳鼻喉科雜志》是由教育部主管，復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院主辦的全國性專業學術期刊，是中國科技核心期刊（中國科技論文統計源期刊）、復旦大學核心期刊。主任委員王正敏，主編孫興懷、遲放魯。已被萬方數據、中國知網及重慶維普數據庫全文收錄。

《微生物與感染》為季刊，主編聞玉梅。2008年，共發表述評3篇，論著25篇（其中由國家自然科學基金資助的論著5篇，國家“973”和“863”計劃資助的論著5篇，其他項目資助的論著3篇），綜述21篇，其他文章34篇。

《中國循證兒科雜志》由教育部主管，復旦大學主辦的兒科專業學術技術類期刊，主編桂永浩。雜志為雙月刊，全年共發7期(包括增刊1期)?？l論著42篇，專家對談錄7篇，講座2篇，綜述10篇，病例討論2篇，病案報告7篇。

《中國臨床神經科學》主編蔣雨平。是由教育部主管，復旦大學附屬華山醫院、復旦大學神經病學研究所主辦的醫藥衛生類科技期刊。2000年起為中國科技論文統計源期刊、中國學術期刊綜合評價數據庫等5家期刊數據庫收入并評為中國科技核心期刊。

《中國醫學計算機成像雜志》(Chinese Computed Medical Imaging) 名譽主編陳星榮，主編沈天真。該刊由教育部主管，復旦大學上海醫學院和復旦大學附屬華山醫院主辦。編輯部日常工作由復旦大學附屬華山醫院負責。雜志為中國科技期刊、中國學術期刊（核心期刊）。

《中華手外科雜志》主編顧玉東，是中華醫學會主辦的手外科專業學術期刊。雜志已加入中國科學引文數據庫（CSCD）、中國學術期刊綜合評價數據庫、中國期刊全文數據庫、中國數字化期刊全文數據庫、中文科技期刊數據庫。

《中國臨床醫學》雜志主編楊秉輝。該刊系教育部主管復旦大學附屬中山醫院主辦的臨床醫學類學術期刊，為中國科技核心期刊，中國科技論文統計源期刊，中國科學引文數據庫來源期刊。被中國期刊全文數據（CJFD）、萬方數據庫數字化期刊全文收錄；被國家圖書館、中國版本圖書館、上海圖書館等全文收錄。

《中國癌癥雜志》主編沈鎮宙。該刊是由教育部主管、復旦大學附屬腫瘤醫院主辦的全國性腫瘤學術期刊。被“中國期刊網”、《中國學術期刊（光盤版）》全文收錄；入選 “中國學術期刊綜合評價數據來源期刊”；加入“萬方數據庫―數字化期刊群”全文上網，被《中國核心期刊（遴選）數據庫》收錄；被北大圖書館《中文核心期刊》...

《中國臨床藥學》雜志是由中國科學技術協會主管，中國藥學會主辦，復旦大學藥學院承辦的國家級科技期刊。主要報道我國臨床藥學及相關領域研究成果與實踐。本刊已進入了中國科技論文統計源期刊、中國科技核心期刊、《國際藥學文摘》（IPA）、《化學文摘》（CA）、《中國生物醫學文獻數據庫》等。