• 國家重點實驗室

  • >應用表面物理國家重點實驗室
  • >專用集成電路與系統國家重點實驗室
  • >遺傳工程國家重點實驗室
  • >醫學神經生物學國家重點實驗室
  • >聚合物分子工程國家重點實驗室

• 國家數學中心

  • >上海數學中心

• 國家教材建設重點研究基地

  • >高校新聞學教材研究基地

• 國家臨床醫學研究中心

  • >老年疾病國家臨床醫學研究中心
  • >介入治療國家臨床醫學研究中心

• 國家制造業創新中心

  • >國家集成電路創新中心

• 教育部人文社科基地

  • >中國古代文學研究中心
  • >歷史地理研究中心
  • >當代國外馬克思主義研究中心
  • >中國社會主義市場經濟研究中心
  • >信息與傳播研究中心
  • >美國研究中心
  • >世界經濟研究所
  • >中外現代化進程研究中心

• 前沿科學中心

  • >腦科學前沿中心

• 省部共建創新協同中心

  • >長三角集成電路設計與制造協同創新中心

• 新農村研究院

  • >新農村發展研究院

• 教育部重點實驗室

  • >計算神經科學與類腦智能教育部重點實驗室
  • >核物理與離子束應用教育部重點實驗室
  • >特性材料與技術教育部重點實驗室（B類）
  • >癌變與侵襲原理教育部重點實驗室
  • >公共衛生安全教育部重點實驗室
  • >智能化遞藥教育部重點實驗室
  • >代謝分子醫學教育部重點實驗室
  • >醫學分子病毒學教育部重點實驗室
  • >微納光子結構教育部重點實驗室
  • >計算物質科學教育部重點實驗室
  • >生物多樣性與生態工程教育部重點實驗室
  • >現代人類學教育部重點實驗室
  • >電磁波信息科學教育部重點實驗室
  • >非線性數學模型與方法教育部重點實驗室

• 教育部工程研究中心

  • >先進涂料教育部工程研究中心
  • >基因技術教育部工程研究中心
  • >網絡信息安全審計與監控教育部工程研究中心
  • >創新科學儀器教育部工程研究中心
  • >先進照明技術教育部工程研究中心
  • >心血管介入治療技術與器械教育部工程研究中心
  • >智能機器人教育部工程研究中心

• 上海市重點實驗室

  • >上海市現代應用數學重點實驗室
  • >上海市分子催化與功能材料重點實驗室
  • >上海市智能信息處理重點實驗室
  • >上海市大氣顆粒物污染防治重點實驗室
  • >上海市數據科學重點實驗室
  • >上海市針灸機制和穴位功能重點實驗室
  • >上海市醫學圖像處理與計算機輔助手術重點實驗室
  • >上海市周圍神經顯微外科重點實驗室
  • >上海市器官移植重點實驗室
  • >上海市女性生殖內分泌相關疾病重點實驗室
  • >上海市視覺損害與重建重點實驗室
  • >上海市乳腺腫瘤重點實驗室
  • >上海市出生缺陷防治重點實驗室
  • >上海市老年醫學臨床重點實驗室
  • >上海市腎臟疾病與血液凈化重點實驗室

• 上海工程技術研究中心

  • >上海超精密光學制造工程技術研究中心
  • >上海工業菌株工程技術研究中心
  • >上海消化內鏡診療工程技術研究中心
  • >上海分子影像探針工程技術研究中心
  • >上海手性藥物工業不對稱催化工程技術研究中心
  • >上海重要產品追溯工程技術研究中心
  • >上海結直腸腫瘤微創工程技術研究中心
  • >上海區塊鏈工程技術研究中心
  • >上海智能機器人工程技術研究中心
  • >上海心肺疾病人工智能工程技術研究中心
  • >上海心臟瓣膜工程技術研究中心

• 衛健委重點實驗室

  • >衛健委新生兒疾病重點實驗室
  • >衛健委近視眼研究重點實驗室
  • >衛健委糖復合物重點實驗室
  • >衛健委聽覺醫學重點實驗室
  • >衛健委病毒性心臟病重點實驗室
  • >衛健委衛生技術評估重點實驗室
  • >衛健委手功能重建重點實驗室
  • >衛健委抗生素臨床藥理重點實驗室
  • >衛健委醫學分子病毒學重點實驗室

• 野外臺站（國家林業局）

  • >上海崇明東灘濕地生態系統定位觀測研究站

• 國家國際科技合作基地（科技部）

  • >儲能技術示范型國際科技合作基地
  • >現代人類學示范型國際科技合作基地
  • >氣候和環境變化研究示范型國際科技合作基地
  • >發育與疾病國際聯合研究中心
  • >醫學表觀遺傳與分子代謝國際科技合作基地

• 國際聯合實驗室（教育部）

  • >遺傳與發育國際合作聯合研究中心

• 創新引智基地

  • >量子調控創新引智基地
  • >先進材料科學與技術創新引智基地
  • >現代應用數學創新引智基地
  • >人類遺傳學創新引智基地
  • >功能納米材料系統工程創新引智基地
  • > 腦發育與重塑創新引智基地
  • >持續性感染與疾病創新引智基地
  • >計算神經科學與類腦智能學科創新引智基地

• 上海市協同創新中心

  • >長三角集成電路設計與制造協同創新中心
  • >上海藥物創制產業化開發中心

• 上海市研發公共服務平臺專業技術服務平臺

  • >上海市微電子材料與元器件微分析專業技術服務平臺
  • >上海市微納器件與工藝專業技術服務平臺
  • >上海市重大疾病蛋白質組研究專業技術服務平臺
  • >上海市惡性腫瘤生物樣本庫專業技術服務平臺

• 上海高校重點實驗室

  • >量子調控上海高校重點實驗室
  • >心力衰竭上海高校重點實驗室
  • >蛋白質化學生物學上海高校重點實驗室
  • >表觀遺傳學上海高校重點實驗室
  • > 小分子活性物質上海高校重點實驗室

• 上海市教委上海高校工程研究中心

  • >視頻技術與系統上海高校工程研究中心
  • >電子與光電子材料及器件分析技術上海高校工程研究中心

• 上海高校E-研究院

  • >健康領域重大社會問題治理上海高校E研究院

• 校級實體化運行科研機構

  • >發展研究院
  • >高等學術研究院
  • >出土文獻與古文字研究中心
  • >高等教育研究所
  • >古籍整理研究所
  • >國際問題研究院
  • >科技考古研究院
  • >六次產業研究院
  • >馬克思主義研究院
  • >全球公共政策研究院
  • >社會科學高等研究院
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  • >一帶一路及全球治理研究院
  • >中國歷史地理研究所
  • >中國研究院
  • >大氣科學研究院
  • >大數據試驗場研究院
  • >大數據研究院
  • >代謝與整合生物學研究院
  • >復雜體系多尺度研究院
  • >工程與應用技術研究院
  • >類腦芯片與片上智能系統研究院
  • >類腦智能科學與技術研究院
  • >人類表型組研究院
  • >上海數學中心
  • >手性分子工程中心
  • >微納電子器件與量子計算機研究院
  • >先進材料實驗室
  • >專用材料與裝備技術研究院
  • >智能復雜體系基礎理論與關鍵技術實驗室
  • >智能機器人研究院
  • >放射醫學研究所
  • >腦科學研究院
  • >生物醫學研究院
  • >實驗動物科學部
  • >腦科學轉化研究院
  • >芯片與系統前沿技術研究院
  • >光電研究院（籌）

• 地方合作機構

  • >復旦大學泰州健康科學研究院
  • >復旦大學無錫研究院
  • >復旦大學寧波研究院
  • >上海浦東復旦大學張江科技研究院
  • >復旦大學青島研究院
  • >珠海復旦創新研究院
  • >山東復旦研究院
  • >中山復旦聯合創新中心
  • >復旦大學義烏研究院
  • >粵港澳大灣區精準醫學研究院（廣州）
  • >章丘復旦聯合創新中心
  • >嘉善復旦研究院